朝鮮王室和朝廷的表現可謂一塌糊塗，不過意外的是，朝鮮民間自發出現的反抗倭寇入侵之戰倒是打得有點意思。
早在日本登陸釜山的第九天，慶尚南道宜寧郡世干村地主之子郭再佑，便組織起一支義兵持續對日軍開展游擊戰。郭再佑率先大起義軍，一時不僅天下聞名，也促使各道之內都逐漸出現自行組建義軍之舉。
此時，日本以名將小早川隆景為首的第六番隊一萬五千人，兵分兩路嘗試滲透全羅道，而毛利輝元所部的第七番隊三萬人，則正在全面佔領慶尚道。
由於慶尚道朝鮮官軍已經四散潰逃，因此第七番隊尚未被義兵騷擾，故毛利所部在慶尚道的進展十分順利。兵雄勢大的毛利輝元派家臣安國寺惠瓊領兵三千，從屬於小早川隆景的第六番隊向全羅滲透。
這裏給不熟悉日本戰國末期情況的讀者多說幾句：毛利與小早川從血緣上是一家。如果再確切一點說，則有個專門的詞彙，叫做「毛利兩川」，即毛利、小早川、吉川這三家其實都是一家。
所謂毛利兩川，要從日本戰國時代的過繼習俗說起。當時由地方豪族而成為戰國大名的毛利家，在毛利元就時期就將兩個兒子分別送入吉川、小早川家作為養子，並通過各種手段讓二子徹底掌握吉川、小早川家，最終形成有名的毛利兩川。
以安藝和石見交界的小倉山城為居城的吉川家可做為毛利家前進石見、甚至山陰地方的前哨站。以毛利家當時的規模來看，吉川元春坐鎮的小倉山城最主要敵人只有尼子家，但這唯一的敵人確是元就生涯中面對過的最大敵人。
至於兩家小早川(主家和分家)，位於瀨戶內海沿岸，面對的的敵人雖不若尼子家強大，局勢卻更複雜，光用武力未必能夠平定。另外小早川家還有一項潛在優勢，那就是毛利、吉川都沒有的兵種——水軍。
當初，小早川隆景入主小早川家的同時，也將水軍納入管轄，透過這股水上勢力，成功拉攏瀨戶內海西側最強的水軍村上水軍(村上水軍包含能島村上、來島村上、因島村上)，進而將其編入毛利水軍。
這支生力軍的貢獻不可小覷，短期而言是替毛利家打贏1555年的嚴島合戰；長期來看，則助毛利家取得瀨戶內海的霸權達二十三年之久！
從日後發展來看，兩川體制奠定了毛利家茁壯的基礎，有助於稱霸中國地方(山陰山陽)。從這點來看，元就之所以安排兩名傑出的兒子繼承吉川家和小早川家，是對未來二十年日本中國地方的勢力此消彼長瞭然於胸。然而他更厲害的是早已看清次子元春和三子隆景的特質。
吉川元春勇猛善戰，適合與勢力強大的尼子家硬碰硬。放眼尼子家，大概只有新宮黨可與元春匹敵。除給予後世勇猛善戰的印象外，元春還是個愛好文學的武將，討伐尼子家時，在本陣里完成四十卷軍記物《太平記》，這便是吉川本《太平記》的由來。
但是能文善武的吉川元春不長於外交。面對山陰地方獨大的尼子家，元春尚可以其文韜武略與之抗衡，然而面對局勢複雜的山陽地方，小早川隆景就比元春更為適合。山陽地方存在不少豪族，或許個別勢力不比小早川家，但若不以懷柔而以武力強攻，會迫使他們結盟，小早川家將陷入四面楚歌的境地。
小早川隆景給人的印象是溫恭謙和，不迷信武力解決，擅於居中協調，山陽地方的豪族一有糾紛便找隆景出面。而他總是沒有預設立場，顧全兩方需要，給予最大便利，其聲望也就在這些小事中累積起來。比起兄長的武力征討，隆景攻略山陽更多是以聲望擊倒對方。
不論如何，總之毛利兩川體系可以看成毛利為主家，兩川為分家。如今毛利輝元將部下派往小早川隆景麾下聽命，大家都沒有任何意外，安國寺惠瓊本人更不會有牴觸心理。
這個安國寺惠瓊，本來是毛利氏的外交僧(那個年代很多大名之間外交靠僧人)，軍略只能說粗通。郭再佑得悉安國寺惠瓊行軍路線，趁其驕狂大意，當夜於山間必經之處設伏。
遇到伏擊之時，安國寺惠瓊還在驚訝居然會有朝鮮伏兵，急令所部備戰，射殺義兵。郭再佑命義兵在山口縱火，以滾石、弓箭阻擊日軍。
安國寺惠瓊見本部慌亂，只得下令先行撤退。郭再佑見倭軍撤退，並不予追擊，也隨即撤離。待安國寺惠瓊休整完畢，令哨兵探查無險之後，方才再度行軍。
誰知道在日軍行軍途中，郭再佑不分晝夜，於安國寺部騷擾襲擊。待日軍追擊便遠遁山林，迂迴側後襲擊日軍輜重。多日下來，日軍已有數百傷亡，安國寺惠瓊大怒，立誓全殲朝鮮義兵，分四路小隊探查義兵方向，本部向洛東江進軍。
郭再佑為擊破安國寺惠瓊而深夜定計，令人喬裝自己，身着紅衣，領義兵六百引誘安國寺惠瓊追擊，自己則領義兵主力於洛東江兩岸設伏。
次日，安國寺惠瓊於途中眼見一紅衣將軍領兵數百於前方疾馳而過，因此前遭受義兵襲擾之時常見領兵之人身着紅衣，探查之下方知此紅衣將軍為義兵首領郭再佑。
安國寺惠瓊確認後，認定此乃遭遇義兵主力，當即下令全軍追擊。義兵且戰且退，逃至洛東江窄處遂行強渡。
安國寺惠瓊大喜，令五百鐵炮隊沿岸射擊，又令一千足輕殲敵於江灘。此時渡江義兵突然反身相擊，而兩岸伏兵大起，對岸也是箭矢不斷，本岸則有義兵突襲。
這一來，鐵炮隊遭受背襲，足輕隊正被牽制，日軍本陣動搖。安國寺惠瓊遙見對岸又出一紅衣將軍，方知自己追擊的只是郭再佑替身，心中驚呼：「影武者之計！」
為避免傷亡過大，於是下令撤軍。郭再佑雖設伏兵，但與日軍短暫正面相抗時卻發現朝鮮戰力弱小之弊，見安國寺退卻，郭再佑亦下令撤退。
洛東江戰後，安國寺惠瓊所剩僅不足兩千，不敢再自行進軍，於是沿小早川隆景進軍路線走居昌進入全羅。
郭再佑聞報，緊忙聯絡慶尚道另一義兵首領金沔。金沔即刻率領所部義兵追趕安國寺惠瓊，惠瓊聽聞竟被義兵追趕，簡直怒不可遏，下令以鐵炮居前，武士足輕居後列陣迎擊。
金沔率兵趕至，遭鐵炮隊射擊，頓時驚慌回撤。安國寺惠瓊下令追擊，金沔將其漸漸引入伏兵之谷。這一次安國寺惠瓊驚覺有詐，剛要撤出，誰料此時郭再佑與金沔已下令弓箭手射燃谷中乾柴草料，以火勢封堵谷口，安國寺惠瓊死戰得脫，領殘兵敗退。
不止這一路義軍取得勝利，慶尚道內的第七番隊同樣遭受鄭仁弘、孫仁甲等所領義兵騷擾，屢屢受挫。他們於鄉間掃蕩，可惜收效甚微，雖連克數城，義兵守城卻與朝鮮官軍不同，兵民一體，戰力非常，毛利軍進展遲緩，每克一城得需一兩日。
毛利輝元焦急萬分，召集部將吉川廣家、長谷川秀一等共同商議。毛利輝元道：「第一番隊及第二番隊自釜山登陸後逼近王京只需半月，慶尚道兵備早已潰散，如今我軍面對民兵卻攻勢遲緩，原因何在？」
原因嘛，總不能說是毛利兩川皆是弱雞不是？因此吉川廣家回答道：「朝鮮民兵於山林之間避實就虛，襲擾我後勤輜重，危害極大。此前長谷川秀一多次遭遇夜襲，但其轉眼間便遁入山林，銷聲匿跡。民兵佔盡地利，擅於兵農轉變，且我大軍出動，易於招搖，我軍初至朝鮮，若要適應，尚需時日。」簡單的說就是暫時沒啥好辦法。
長谷川秀一則道：「朝鮮民兵到底不過烏合之眾，難與我軍正面對抗，雖守城頑強卻無濟於事。為加快進軍，應將朝鮮所遇敢於抵抗者盡數殺戮，以絕後患！」
毛利輝元皺着眉頭道：「七番隊所得軍令在穩定慶尚道保障後勤，鄭仁弘、孫仁甲、郭再佑、金沔等人為我等心腹大患，但朝鮮百姓豈能全部剿滅？還是先佔領慶尚道全境，再安撫百姓，逐步剿滅義兵才是。」
另一便的日軍六番隊營中，小早川隆景聽聞毛利輝元在慶尚道屢遭義兵襲擾，進兵緩慢，原本從容多智的他也難掩一絲憂愁，使得年老的皺紋倒是更加明顯了些。
小早川隆景思索良久，對屬下大將立花宗茂道：「輝元殿下到底年輕少謀，疏於戰陣，七番隊擁兵三萬，應對慶尚道守城民兵仍攻勢遲緩，似乎難以背負其祖父毛利元就殿下之威名。」
立花宗茂說道：「輝元殿下畢竟是毛利家督，小早川殿下與吉川殿下均為毛利元就殿下之子，乃輝元殿下之叔，雖輝元殿下軍勢受挫，但嘲弄家主似有不妥。小早川殿下早年跟隨元就公南征北戰，如今為太閤殿下所倚重，更是毛利家之支柱，此時我軍是否應援助七番隊？」
小早川隆景道：「宗茂所言極是，民兵隨處可至，我軍滲透全羅未果，若想不受挫於朝鮮民兵，必步步為營，戰守得當，不為暗處之敵牽制。宗茂，你也數次追剿民兵，將你之所見送信于吉川廣家即可。
六番隊及七番隊不應當周旋於朝鮮民兵之間，我自告知於宇喜多秀家，請他下令八番隊與九番隊援剿民兵。」立花宗茂領命而去。
九月二日，小西行長第一番隊因朝鮮王京守備早已盡撤而輕易攻佔，小西行長親自帶隊闖入王宮搜尋王室未果，探馬來報方知朝鮮王室早已撤至開城。
小西行長惱怒不已，下令全軍休整，準備一鼓作氣進軍開城。而在開城，朝鮮大王李昖正與重臣商議守備事宜，原本受命與小西行長談判的使者李德馨卻突然回到開城，李昖急問其是否見過小西行長？不想卻從李德馨處得知王京失陷，眾皆愕然。
伊斗壽問道：「何時失陷？」
李德馨嘆息作答：「昨日抵達漢江南岸，今日入城。」
伊斗壽驚訝道：「這真是匪夷所思，王京防線及都城怎會一天不到便被輕易攻破？」
李德馨聞之垂淚，答道：「並非攻破，乃是因都元帥金命元及副元帥申恪，還有留都大將李陽元在倭寇兵臨漢江之時便已潰逃了。」群臣聽得此言，全都大吃一驚，震撼之情溢於言表。
李昖聽畢渾身顫抖，向都承旨李恆福急急忙忙地道：「都承旨，王京離此地只有一天路程……啊，不對，若是馬隊急進，只需兩三時辰便可追至此地！都承旨，立刻傳寡人旨意，什麼都不等了，立刻播遷！」眾臣再次驚愕，紛紛勸大王冷靜。
李昖哪裡冷靜得下來？不僅不能冷靜，甚至憤而起身，連呼播遷，情緒幾近失控。
而王京之內，日軍正在搜尋補給，就食泡飯，醫療傷兵，小西行長本人親自領隊於全城巡視，既是展現威嚴，也是寬慰軍心。
此時傳來總大將宇喜多秀家的指令，宇喜多秀家命小西行長停止進軍，駐防漢陽，直至總大將入城為止。與此同時，還要求他收攏散逃百姓，安撫民心，以便徵兵服役。
小西行長覽畢，便下令宗義智道：「從剩餘半月軍糧之中先行劃撥三日口糧，準備散發百姓，收攏民心。」又令僧侶景轍玄蘇道：「玄蘇需指使識文斷字之人，於各地書寫壁書，言辭懇切，向朝鮮百姓表達絕不擾民之意，誘導百姓返還王京。」二人領命而去。
一刻之後，加藤清正領軍趕到，徑直奔見小西行長並向其問罪。小西行長疑惑不解，問道：「我何罪之有？」
加藤清正說道：「漢江南側船隻，我派人探查之時尚有一百二十餘艘，當我本營到達之時卻已被盡數焚毀，除你之外還有何人能做出此等無恥之事！」
小西行長冷笑道：「呵，真是欲加之罪，何患無辭。加藤，我昔日還學到過一句唐國諺語，便是用在此時的：狗嘴裏吐不出象牙。」
加藤聽後大怒，拔刀相向，當即便要斬殺小西行長，自然又被侍從拉住。
小西行長也怒了，呵斥道：「加藤！此事分明為是朝鮮軍潰逃前所毀，你不要在此胡攪蠻纏。還有，賭輸了就老實認輸，也算輸陣不輸人，卻不要在部下面前丟人現眼！」
加藤清正環顧四周，確實覺得自己的行為可能讓人瞧不起。他是個要面子的，只好暫壓怒氣，下令全軍出擊追擊朝鮮王室，誰料卻被小西行長以總大將之手令阻止，加藤清正更加惱火，憤恨離去。
此時王京剩餘百姓早已口糧盡無，飢腸轆轆，自壁書張貼之後，雖有猶豫卻也在奔走相告，不到半日便已成群結隊領取口糧。
小西行長早已命人搭建棚屋，安置草榻，供百姓休息，凡來領取口糧者必先奉以粥食，命農兵在武士安排下全心照料服侍之後，再定量領米。與此同時他還號召百姓廣為散佈，一時間居然民心大聚。
此時在慶尚道，慶尚道觀察使接到了有日軍前來投降的消息，不禁大為詫異，親自前往查看，卻眼見一日軍將領率兵上百，正與衙兵對峙。
那員日將喊道：「在下為加藤清正下屬第二番隊先鋒大將岡本越後守，我先鋒軍三千，特來向朝鮮投降，請相信我們！」但朝鮮官兵堅持不信，決意要與日軍決一死戰。岡本越後守見狀，率先解下佩刀，而所部士兵也紛紛放下鐵炮及佩刀以表誠意。
此舉令全場朝鮮官兵驚惑，慶尚道觀察使更是不解，暗道：這些倭人勢頭正盛之時為何投降？莫非是在軍中犯下死罪才投靠我軍？
他想了想，乾脆把這些話徑直問了出來，那位岡本越後守倒也不矯情，當即答道：「我等原以為長期內戰之後能返回故鄉與妻兒團聚，安享太平。誰知卻又遭動員，還遠渡重洋前來作戰，聽說即便打完朝鮮也不會停，還要去和明國作戰，真不知要戰至何時方休！我等不想再被戰爭折磨，因此索性降了。」
慶尚道觀察使見他說得真誠，雖然仍不敢肯定真假，但既然事已至此，還是暫留日軍，先上報朝廷再說。
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